Nhã Nam cũng là một trong những công ty tư nhân hoạt động trong lĩnh vực xuất bản gặp phải nhiều rắc rối với các ấn phẩm của mình. Năm 2006, tập thơ Dự báo phi thời tiết của nhóm thơ Ngựa Trời do công ty xuất bản đã bị Cục xuất bản đình chỉ phát hành vì bị cho là "vi phạm thuần phong mỹ tục Việt Nam"[2]

Năm 2007, tập truyện ngắn I am đàn bà của nhà văn Y Ban cũng bị cục xuất bản thu hồi với lý do Nhã Nam đã vi phạm một số vấn đề hành chính.[3]

Vào đầu năm 2008, tập Trần Dần - Thơ do công ty liên kết với nhà xuất bản Đà Nẵng xuất bản cũng bị đình chỉ phát hành, phạt hành chính vì vi phạm luật xuất bản.

Tháng 10 năm 2011, cuốn sách tranh "Sát thủ đầu mưng mủ - Thành ngữ sành điệu bằng tranh" của Thành Phong minh họa, và do Nhã Nam liên kết với Nhà xuất bản Mỹ thuật ấn hành. Tự nhận là sách "thu thập các thành ngữ sành điệu của giới trẻ qua tranh vẽ", sách đã gây nhiều tranh cãi [4][5] và bị thu hồi cũng như ngưng phát hành chỉ vài tuần sau đó.[6][7]

Ngoài ra, Nhã Nam còn được biết đến là một trong những công ty xuất bản sách có số lượng đầu sách bị in lậu nhiều nhất Việt Nam.[8] Đơn cử là cuốn Nhật Ký Đặng Thùy Trâm bị in lại với năm bản giả trên cả ba miền Việt Nam[8]